傳說中的泰雅族賽德克亞族人在三百多年前，為擴大生存空間，由濁水溪中上游向四方擴散。其中道澤群、托洛閣群，翻越中央山脈至立霧溪一帶定居，是為太魯閣群，另一支霧社群，亦翻過山脈，東下木瓜溪，是為木瓜群。中央山脈東西兩側的泰雅族系屬同源，但日後因獵區的爭奪，形成敵對狀態，終至互不往來。再度相連，則是日本發動的太魯閣討伐之役。
清治時期，由大陸跨海來台的官員與人民，與居處深山的泰雅族人甚少接觸。直至1896年4月也就是日本取得台灣治權的翌年，日本台灣總督府在全台11個「蕃界」設置撫墾署，同年7月，埔里撫墾署成立，深山裡的原住民才開始與外界有了接觸。
1897年1月日本陸軍大尉深堀安一郎等14人，由埔里出發調查原住民部落分布，並擬開鑿橫貫公路。途中遇大雪，大尉與帶路原住民發生爭執，14人均遭殺害。事後日本台灣總督府為紀念深堀，將天池西側3311m的山頭，命名為深堀山。
深堀事件發生後，泰雅族人憑恃著人止關的天險，與日本人發生多次衝突，日軍警傷亡多人。1898年1月總督府下令封鎖山區，1903年12月泰雅族人因缺乏鐵器，影響生計，故向日本警方求和。1905年11月日警要求泰雅族人構築由埔里至霧社的第一條隘勇路。
1907年1月日總督佐久間左馬太，提出五年計畫理蕃事業，預擬在全台開闢十條橫越中央山脈的隘勇線，另外再加開一條南北縱貫的隘勇線，連結各橫貫線，形成一個類似魚骨形的系統。在這個計畫中，霧社因位於南北縱向隘勇線的中心點，又是東西橫貫道的起點，因此成為地區交通中心。同年2月森丑之助，由埔里經霧社上能高，再由能高下至花蓮，這是除原住民之外的能高首越。
1908年5月，台東廳由銅門向西開鑿隘勇線約12公里，稱之巴托蘭隘勇線，這是能高越嶺東段的前身。而能高越嶺西段，日人多次動用武力，以現代火砲由埔里進入攻擊泰雅族人，族人死傷慘重，直至1911年3月在泰雅頭目的央求下停戰，從此原住民失去了火槍，也失去了打獵的重要工具。日人勢力到達現在的盧山、春陽一帶。
東側的遭遇則更加慘烈，1895 年日本據台後的第二年（ 1896 年），因不尊重族習俗並侵佔土地，與原住民發生一連串的衝突，如1896年12月下旬的新城事件，1897年1月10日三棧事件， 1897年2月6日的加灣事件，1906年7月31日的威力事件。
日本據台近二十年，太魯閣族仍未屈服日本的統治，頑強抵抗入侵者，因此1914 年5月7日日本動員軍警20749人，由東西兩面，夾擊太魯閣族部落。及巴托蘭群。東路日警一部由木瓜溪挺入於沙卡亨社(現磐石保線所一帶)與東路軍會合包殲族人。西部則由總督佐久間親自率領正規軍隊及部份及泰雅族人，在合歡山集結，由奇萊東下，另一守備隊則由奇萊南峰東下木瓜溪上游夾擊，激戰三個月，2千餘原住民勇士，終不敵日軍警精良武器及優勢兵力，幾近滅族，故於八月中棄械。
這東西兩個日本軍警部隊所蹂躪的路線，正是1917年7月日本開闢的能高越嶺道及合歡越嶺道。舊能高越嶺道由花蓮初音駐在所至霧社，全長81.2公里，沿線設有16個駐在所。1925年，日人鑑於越嶺道須翻越海拔3307公尺的奇萊裡山，冬季積雪通行困難，乃於天池駐在所旁，沿著山腹開路至2802公尺的鞍部，再東下檜林，切抵柴田溪、奇萊溪至天長斷崖。此一路線，正是現行登山的熱門路線─能高越嶺。
