光復和瑞穗擁有豐富且多樣的生態資源，這裡擁有草原、濕地、溪谷、平地森林和淺山生態系統，孕育多采多姿的植物與動物，同時也餵養世世代代生長在縱谷的子民。
芙登溪流淌而過的馬太鞍濕地，可以觀察到各式各樣的水鳥、蝴蝶、兩棲與爬蟲類動物，鳥類以鷺科、雁鴨科、鷸科與秧雞科最為常見，兩棲和爬蟲類則包含同屬台灣特有種的碧眼樹蛙、莫氏樹蛙以及梭德氏草蜥。植物則以外來種粉綠狐尾藻最為氾濫，原生樹種則包含水柳、九芎、白花水龍、圓葉節節菜、龍骨瓣莕菜、野慈菇等。
原本全是甘蔗田的大和地區，則是在林務局與社區居民合作之下，透過造林計劃建立起了「大農大富平地森林園區」，園區內種植二十幾種、近百萬株低海拔樹種，例如光臘樹、香樟、台灣櫸、楓香、烏心石、大葉楠等。同時，經過多年的生態復育，園區內已經成為適合鳥類棲息的樂園，園區內隨處可見烏頭翁、棕背伯勞、臺灣畫眉與朱鸝，甚至可以觀察到東方蜂鷹、大冠鷲、紅隼、黃嘴角鴞等大型鳥類，其中最具代表性的鳥類則是屬於台灣特有亞種的保育鳥類環頸雉。
除了鳥類以外，平地森林園區內有臺灣獮猴、野豬、山羌、麝香貓等哺乳類動物，兩棲爬蟲類有二十餘種，昆蟲更是多達一百多種。春夏之夜來到大農大富平地森林園區，可以看見滿地螢火蟲綠光閃閃，相當壯觀。
左圖：環頸雉(花蓮林管處提供，陳國華攝) 右圖：大農大富平地森林的楓香造林地之下的螢火蟲(花蓮林管處提供，映儒爸爸攝)
而說到螢火蟲，最著名的就是位於蝴蝶谷的富源國家森林遊樂區，與之相比，大農大富平地森林園區的螢火蟲著實可說是小巫見大巫，蝴蝶谷中光是螢火蟲的種類就多達近二十種，從溪畔到山坡上的森林都能發現螢火蟲的蹤跡。
不過蝴蝶谷可不只有螢火蟲，既然稱為蝴蝶谷，這裡最大的特色自然就是蝴蝶。根據調查，富源遊樂區裡擁有超過一百種蝴蝶，常見的如大紅紋鳳蝶、小紫斑蝶、小紋青斑蝶、端紅蝶、寬青帶鳳蝶等都常出沒在步道間，甚至還能看到屬於三級保育類動物的黃裳鳳蝶，蝴蝶谷的稱呼絕非浪得虛名。
左圖：富源森林遊樂區裡的肖楠造林地(花蓮林管處提供) 右圖：大陸窗螢(花蓮林管處提供，陳美彤攝)
左圖：黑翅晦螢(花蓮林管處提供，陳美彤攝) 右圖：大紅紋鳳蝶(花蓮林管處提供)